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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
英国小伙瑞思的春节假期：带着“山西胃”环游中国******
(新春走基层)英国小伙瑞思的春节假期：带着“山西胃”环游中国
中新网太原2月4日电 题：英国小伙瑞思的春节假期：带着“山西胃”环游中国
作者 高雨晴
“我热爱在中国的生活，在这里可以体验新事物，环游中国。”北到山西，南至云南、广东，在中国工作生活这几年，英国“90后”小伙瑞思(Rees)打卡过30余座城市。
今年春节期间，瑞思再次踏上旅程，前往中国南方，他想趁节假日多走走看看，用脚步感知多元中国。
山西人喜欢食醋，这让长期生活工作在山西的瑞思有了一颗“山西胃”。“当我在中国各地旅行时，总想在吃的东西里加几滴山西老陈醋。”
26岁的瑞思来自英国，现在是山西太原理工大学的一名外籍教师。儿时，偶然从纪录片中了解到中国，自那时在他心中便种下一个“中国梦”。
20岁那年，瑞思有机会来到中国旅行。时隔两年，他受邀到山西太原理工大学参加暑期教书项目，由此开启他在中国的生活。
瑞思来中国三年有余，今年是他在中国度过的第三个春节。除夕那天，他入乡随俗，在其宿舍门口挂上对联，还给自己包了顿饺子。“我知道中国人喜欢吃饺子，我也很喜欢，因为饺子的馅料、味道和质地多种多样。”
喜欢研究美食，更热衷于旅行，每逢假期，瑞思都会奖励自己一场旅行。今年春节也不例外，瑞思早早就做好旅行攻略。
“以往，我都会特意去一些历史悠久或风景优美的城市。”瑞思说，今年他选择“南下”，到厦门、东莞、深圳、香港，与朋友一起享受假日时光。
在广东，瑞思被当地的大型工业园区深深吸引。“想到儿时拥有过的很多中国制造的东西，都可能生产于此地，就觉得很神奇。”到了香港，他感受到中西合璧的城市文化魅力。
边走边看，边感受边分享。所到之处，瑞思都习惯用文字或视频记录下来，将其在中国各地的所见所闻，发布在社交平台。“我非常喜欢与他人分享我看到的东西，希望他们能通过我来了解一个不一样的中国。”
近几年，他都将旅游目的地锁定在中国境内。武汉、长沙、上海、苏州、重庆、大理……目前他游览过的中国城市超过30座。
在山西，瑞思也打卡过不少地方。2022年夏天，他参加山西卫视的一档沉浸式体验类节目，以体验官的身份，走进大同、朔州、晋中、临汾等地，从多个领域深度感知山西。
在山西大同，瑞思和当地村民一起晾晒黄花。 山西广播电视台供图“一直以来，在我印象中，山西是一个有着悠久历史文化的省份。”瑞思告诉记者，从这次体验中，5G炼焦技术、绿色发电厂等，让他感受到山西“新”的一面。
谈及居住地太原，瑞思表示“很高兴能留在这里”。平日里，他很喜欢逛当地的汾河公园，如今，沿河岸骑行已成为他的日常爱好。瑞思说，“在这里生活几年，让我更加了解中国民众的日常生活，以及当地的传统文化。”
中国农历兔年已至，瑞思有三个心愿：更好地融入当地生活，为自己的学生努力工作，继续把山西介绍给世界。(完)
（文图：赵筱尘 巫邓炎） [责编：天天中] 阅读剩余全文（）  视觉焦点
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